Momčilo Perišić nije kriv za zločine u Sarajevu, Srebrenici i Zagrebu
Na ovaj način Perišić je oslobođen odgovornosti za zločine koje je Vojska RS počinila u Sarajevu i Srebrenici, kao i odgovornosti za zločine koje su pripadnici Vojske Jugoslavije počinili granatirajući Zagreb. Vijeće je stoga naložilo da se Perišić odmah pusti na slobodu.
Žalbeno vijeće je zaključilo kako nije van svake razumne sumnje dokazano da je pomoć i podrška, koju je bivši načelnik Generalštaba Vojske Jugoslavije Momčilo Perišić davao Vojsci Republike Srpske, bila konkretno usmjerena na pomoć u činjenju zločina Vojske Republike Srpske u Sarajevu i Srebrenici.
Zaključeno je također kako politika Vrhovnog savjeta odbrane SR Jugoslavije, a koju je krojilo političko rukovodstvo SR Jugoslavije, u vezi sa pomoći koja je upućivana Vojsci Republike Srpske, nije bila usmjerena na zločine koje je Vojska RS učinila u Sarajevu i Srebrenici.
Istaknuto je i kako nema dokaza da je Perišić davao konkretnu podršku Vojsci RS u činjenju zločina, već u pomaganju ukupnih ratnih napora Vojsci RS, kao i da je bilo potrebno provesti eksplicitnu analizu i utvrditi konkretnu usmjerenost pomoći Vojske Jugoslavije Vojsci RS u činjenju zločina. Sudija Meron je naveo kako je Vojska RS poduzimala i zakonite aktivnosti u svojim ratnim naporima, a ne samo zločine.
Žalbeno vijeće je također poništilo prvostepenu presudu kojom je Perišić okrivljen jer je propustio kazniti potčinjene zbog raketiranja Zagreba. Ustanovljeno je da Perišić u vrijeme raketiranja Zagreba nije imao efektivnu kontrolu nad vojnicima koji su počinili zločine granatirajući Zagreb, kao ni da u to vrijeme nije imao ovlast da ih kažnjava.
Bivši načelnik Generalštaba Vojske Jugoslavije Momčilo Perišić žalio se na nepravomoćnu presudu kojom je osuđen na 27 godina zatvora zbog zločina u Bosni i Hercegovini i Hrvatskoj. Odbrana je zatražila poništavanje presude zbog, kako su naveli, brojnih pravnih i činjeničnih grešaka, dok su tužitelji poručili kako je presuda primjerena njegovim zločinima. Odbrana je istakla da se Perišićevo pružanje pomoći vojsci bosanskih Srba da vodi rat ne može izjednačiti s pomaganjem zločina počinjenih u tom ratu.
Haški sud je u septembru 2011. proglasio Perišića krivim i osudio ga na kaznu od 27 godina zatvora za pomoć i podržavanje višegodišnje opsade i terora nad civilima u Sarajevu i ubistava nekoliko hiljada Bošnjaka u Srebrenici, kao i za propuste u kažnjavanju potčinjenih zbog raketiranja Zagreba, ali je oslobođen odgovornosti za zločin istrebljenja u Srebrenici, jer su sudije smatrale da nije mogao predvidjeti razmjere pokolja u Srebrenici u julu 1995. Većina sudija utvrdila je da su djela generala Perišića znatno doprinijela zločinima koje je počinila vojska bosanskih Srba.
Kad je riječ o raketiranju Zagreba u maju 1995. Perišićeva odbrana u žalbi je napisala kako Sud nije mogao utvrditi da su počinitelji tog zločina bili podređeni Perišiću, dok je Tužiteljstvo ocijenilo da je on imao ključnu ulogu u tim i drugim ratnim dešavanjima. Perišić je u pritvor Suda dobrovoljno stigao 7. marta 2005., a do početka suđenja 2. oktobra 2008. vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.
