Početkom Drugog svjetskog rata zaustavlja se rad FK zeljeznicara. Nakon završetka rata klub se obnavlja i nastupa u prvoj ligi Bosne i Hercegovine koju osvaja i tako se plasira u prvu ligu Jugoslavije, u njenoj premijernoj sezoni 1946/47. Međutim nakon što je gradska vlast formirala novi klub \"Torpedo\" (kasnije Sarajevo) koji je trebao predstavljati najbolje iz BiH, većina igrača Željezničara dobija naređenje da pređe u novi klub. Odlukom političkih vrhova Željezničar je novoformiranom klubu Torpedo morao ustupiti svoje najbolje igrače: Lovrića (kapiten), Alajbegovića, Konjevoda, Lazarevića, Rajlića, Golca i Šilića. Jedini igrač koji je uspio odoliti svim ucjenama je Joško Domorocki.[1] Takav slijed događaja bio je poguban po Željezničar koji ispada iz prve lige, a period konsolidacije trajao je do sezone 1953/54 kada se plavi ponovo vraćaju u prvu ligu Jugoslavije.