Tolimir je pred ICTY-em optužen za genocid, udruživanje radi izvršenja genocida, za zločine protiv čovječnosti i za kršenje zakona ili običaja ratovanja, uključujući istrebljenje, ubistvo, prisilno premještanje i deportaciju, počinjene između jula i novembra 1995. nad Bošnjacima u Srebrenici i Žepi.
U optužnici se navodi da je Tolimir odgovoran za genocid u kojem je više od 7.000 muslimanskih muškaraca i dječaka iz Srebrenice masovno pogubljeno.
Tolimir, nekadašnji pomoćnik najtraženijeg haškog bjegunca Ratka Mladića, uhapšen je krajem maja 2007. na granici između Srbije i BiH, a na prvom pojavljivanju pred sudijom odbio je izjasniti se o krivici.
On je bio Mladićev pomoćnik za obavještajne poslove i sigurnost i tužiteljstvo smatra da je na toj dužnosti znao za plan da se muslimansko stanovništvo protjera iz enklave Srebrenice i Žepe, te da je sudjelovao u provedbi tog plana. On se tereti na temelju individualne kaznene odgovornosti, navodi se u optužnici.