M. K. je naveo da ga je episkop u tri navrata zlostavljao. Nakon četvoromesečne policijske istrage, Pahomije je na kraju optužen za seksualno zlostavljanje četvorice maloletnih dečaka, od kojih je M. K. bio najmlađi. Četiri godine kasnije, presudom Opštinskog suda u Nišu, dve tačke optužnice su odbačene, zato što je suđenje odugovlačeno toliko da je istekao rok zastare u kom se presuda morala doneti. Preostale dve tačke optužnice, među kojima i slučaj M. K, odbačene su jer sud nije prihvatio svedočenja dečaka kao pouzdana.