Oktobra 2002, trinaestogodišnji dečak ušao je u policijsku stanicu u Vranju, zajedno s majkom i bakom, da prijavi seksualno zlostavljanje. Tako je počeo "slučaj Pahomije". Prema dokumentima iz Vrhovnog suda Srbije, pribavljenim po Zakonu o slobodnom pristupu informacijama, dečak identifikovan kao M. K, tvrdio je da ga je episkop prvi put zlostavljao na dan Sv. Ignjatija 2002. godine, nakon što ga je pozvao u svoju sobu i zatražio od njega da mu izmasira leđa. Nakon masaže, episkop je od dečaka tražio da se skine, pokušao da ga zagrli i pritisne svoje telo uz nјegovo.