Optužnica za seksualno zlostavljanje podignuta je protiv Pahomija 2003. godine i on je pozvan da se pojavi u Vranju na suđenju zatvorenom za javnost. Optužnica je podignuta u ime četvorice tinejdžera, od kojih je najmlađi imao 13 godina. Nakon četverogodišnjeg procesa, prebacivanja predmeta iz vranjskog u niški Opštinski sud, Pahomije je proglašen nevinim. Presudu je potvrdio drugostepeni Okružni sud u Nišu. Iako je Vrhovni sud Srbije u oktobru 2007. presudio da je odlukama prethodnih sudskih instanci povređen zakon, episkopu Pahomiju nije moglo ponovo da se sudi - odluka Vrhovnog suda, po zahtevu za zaštitu zakonitosti, ne proizvodi pravno dejstvo ukoliko je na štetu optuženog.