Prenj nema nijedne rijeke, ima nekoliko manjih potoka, ali nijedan nije na trasi tunela. Izvora vode na Prenju je vrlo malo, mozda najmanje od svih nasih planina. Iako, nikad se ne zna na sta ce sve naici, jer je tunel na visini od cca. 600 metara, a iznad su vrhovi od 2000 m.