Islamsku zajednicu u ovakvom obliku je napravila Austro-Ugarska neposredno nakon okupacije 1878 godine, kako bi ostvarila uticaj na muslimane Bošnjake koji su bili veoma neprijateljski raspoloženi prema okupatorima u to vrijeme, jer su posmatranjem primjetili veoma naivan odnos lokalnog stanovništva prema efendijama koji su to dobrano okorištavali i zloupotrebljavali. Kao posljedica toga, u prvom svjetskom ratu, upravo su se Bošnjaci najžešće borili u redovima Austrougarske vojske.
Nakon propasti Austrougarske, kontrolu nad Islamskom zajednicom u kraljevini SHS preuzima dinastija Karađorđevića. Jedno od najvećih dostignuća IZ u tom vremenu je protivljenje školovanju ženske djece a generalno nisu blagonaklono gledali općenito na škole.Nakon kratkotrajne podrške Ndh i učešća u formiranju Hanđar SS divizije, kontrolu nad IZ preuzima Udba i njen se većinski uticaj osjeti i danas u bezrezervnoj podršci Sda.