Dva miliona knjiga, uključujući 300 manuskripata neprocjenjive vrijednosti, nestalo je u dimu u noći kada je sarajevska biblioteka namjerno bombardovana i spaljena do temelja. Bilo je to kao da su dva miliona zvijezda na nebu ljudskosti zauvijek ugašena.
Uništeno je oko 90 posto knjižnog fonda, katalozi, oprema - znanje i hiljadugodišnja historija.
Biblioteka je 1992. godine preseljena u prostore BKC-a, pokušavalo se sačuvati i zaštititi ono što je ostalo. U NUBBiH je 1993. godine počela obnova elementarnih funkcija biblioteke, u prostorijama redakcije "Odjeka" u zgradi Ministarstva obrazovanja i kulture na Obali, gdje je bila smještena do 1998. godine. Od tada do danas Biblioteka egzistira u zgradi bivše kasarne "Maršal Tito", u Kampusu Univerziteta u Sarajevu.
Već deset godina uposlenici Biblioteke u neadekvatnim i "privremenim" prostorijama, jedva dovoljnim za smještaj spašenog fonda, i pored raznih nedaća (neriješenog pravnog i financijskog statusa), trpeći sve moguće nedaće, u kojima su i ostale institucija kulture od značaja za BiH, ipak uspješno obavljaju sve poslove koje jednoj nacionalnoj biblioteci državni zakon i propisuje, saopštili su i naveli kako se fond Biblioteke iz dana u dan nadograđuje, obnavlja, a oštećene stare i rijetke knjige restauriraju.
Obnova Vijećnice, izvjesno je, trajat će još neko vrijeme, a izgledi da se NUBBiH u punom kapacitetu vrati u ovo zdanje sve su manji, ističu iz ove institucije i naglašavaju kako trenutno ne postoje ni naznake da će za Biblioteku biti izgrađena nova namjenska zgrada, po evropskim standardima.
Pored svega ovoga u 2009. Vijeće ministara smanjilo je dotaciju za jednu trećinu, a iz NUBBiH se pitaju treba li Bosni i Hercegovini uopće ova institucija.