Nasilje je izbilo nakon protesta u Kairu protiv napada na crkvu u pokrajini Asvan prošle sedmice, dok su se muslimani preidružili objema stranama.
Premijer Esam Šaraf izjavio je da je neslaganje među muslimanima i hrišćanima u Egiptu "prijetnja sigurnosti zemlje".
U ponedjeljak je sazvan hitni sastanak vlade.
Dopisnica BBC-ja iz Kaira Yolande Knell javlja da je pritisak na ministrima i vojnim vladarima zemlje da pruže uvjeravanja o nacionalnom jedinstvu zemlje.
Policijski sat tokom noći ukinut je u sedam sati ujutro po lokalnom vremenu u ponedjeljak (pet ujutro po srednjoevropskom).
Šaraf, koji je obišao područje u kojem su se sukobi dogodili, također se dotakao poziva demonstranata za smjenom vojnih vladara.
"Najozbiljnija prijetnja sigurnosti zemlje je ugrožavanje nacionalnog jedinstva i stvaranje nesloge među muslimanskim i hrišćanskim sinovima Egipta", izjavio je on u televizijskom obraćanju u nedjelju navečer.
"Kazao je da nasilje - najteže u Egiptu od svrgavanja predsjednika Hosni Mubaraka u februaru - "ugrožava odnose izmneđu naroda i vojske".
Ranije je Egipatska televizija prikazala demonstrante kako se sukobavljaju sa snagama sigurnosti, dok su vojna vozila u plamenu ispred zgrade državne televizije, gdje su demonstranti prvobitno planirali da se okupe.
Također je javljeno o paljenju vozila ispred koptske bolnice, u koju su prebačeni mnogi od povrijeđenih.
Sektaško nasilje pojačalo se u posljednjim mjesecima u Egiptu.
Kopti - koji čine desetak posto stanovništva - optužuju vladajuće vojno vijeće da je previše popustljivo prema počiniocima napada na hrišćane.