Stojić se trenutno nalazi u Specijalnom tužilaštvu na ispitivanju, a u akciji je pretresen stan u kojem živi u Banjoj Luci.
Pripadnici Specijalnog tužilaštva RS zajedno sa banjalučkom policijom uhapsili su Stojića kojeg dovode u vezu sa pronevjerom finansijskih sredstva za izgradnju Palate predsjednika RS.
MUPRS-a je u decembru 2008.godine podnio izvještaj protiv Stojića nakon što je i Glavna služba za reviziju javnog sektora utvrdila niz neregularnosti i propusta u izgradnji Palate predsjednika RS-a, koja je koštala oko 11 miliona KM.
Revizori su još 2008. utvrdili da ugovaranje radova, usluga i nabavka opreme, te način plaćanja u Službi predsjednika RS nisu vršeni na način da osiguraju ekonomično i racionalno trošenje novca, tako da su troškovi prikazani manji za oko 400 hiljada KM, a korištenje budžetskih sredstava nije bilo u skladu sa planom izvršenja budžeta ove institucije.
Također, utvrđeno je i da je na ime zakupa stambenog prostora za tadašnjeg generalnog sekretara Službe predsjednika RS-a Mirka Stojića plaćano mjesečno 2.500 maraka, iako ova naknada u skladu sa odlukom Vlade RS može iznositi maksimalno 600 KM.
