Protiv navedene presude žalbu je blagovremeno izjavilo Tužilaštvo BiH kojom presudu pobija zbog pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja s prijedlogom da Apelaciono vijeće Suda BiH žalbu uvaži i prvostepenu presudu preinači tako da optužene oglasi krivim ili pak da pobijanu presudu ukine i odredi održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja.
Branioci optuženih Edhema Bičakčića i Dragana Čovića, u zakonom propisanom roku, dostavili su odgovore na žalbu Tužilaštva u kojim ističu da su svi žalbeni prigovori neosnovani te predlažu da Apelaciono vijeće Suda BiH žalbu odbije i potvrdi prvostepenu presudu.
Apelaciono vijeće Suda BiH nakon ispitivanja žalbe u zaključku naglašava da iz utvrđenja prvostepenog vijeća proizilazi da ne postoji uzročna veza između radnji optuženih koje im se optužnicom stavljaju na teret, i to donošenja odluka broj 4/99 i 5/00 o rasporedu sredstava proračuna iz 1999. i 2000. za stambena pitanja i u optužnici opisane posljedice u vidu sticanja imovinske koristi drugima.
U tim radnjama je prema optužnici sadržana zloupotreba položaja i to iskorištavanjem (kako se navodi u činjeničnom opisu optužnice), odnosno prekoračenjem (kako se navodi u pravnom zaključku optužnice), njihovih službenih ovlašćenja, koja su imali kao premijer i zamjenik premijera Vlade Federacije Bosne i Hercegovine.
To utvrđenje, kako nalazi Apelaciono vijeće, žalbom nije osnovano dovedeno u sumnju, zbog čega je žalba tužioca odbijena kao neosnovana i prvostepena presuda potvrđena, saopćeno je iz Suda Bosne i Hercegovine.