Prvi masakr se dogodio između 12:10 i 12:20 poslije podne, kada je minobacački projektil kalibra 120 mm ispaljen sa srpskih položaja na području sela Mrkovići pao u prepunu gradsku tržnicu Markale. Spasioci i ostali radnici Ujedinjenih Naroda su brzo stigli da bi pomogli brojnim civilnim žrtvama, dok su snimci događaja brzo postali glavne vijesti širom svijeta.[3] Kontroverza o događaju je počela nakon što je prvobitni izvještaj UNPROFORA došao do zaključka da je granata ispaljena sa položaja Armije RBiH. General Michael Rose, britanski čelnik UNPROFOR-a, je otkrio u svojim memoarima da je tri dana nakon masakra rekao generalu Divjaku, zamjeniku zapovjednika snaga Armije RBiH, da je granata bila ispaljena sa bosanskih položaja. Međutim, kasniji i opširniji izvještaj UNPROFOR-a je primjetio računsku pogrešku u originalnom izvještaju. Kad su ispravili grešku, Ujedinjeni Narodi su došli do zaključka da nije moguće utvrditi koja je strana ispalila granatu.