Za karantin se obično bira zgrada u kojoj su potom smješteni oboljeli ili potencijalni bolesnici. Ulaz i izlaz, osim medicinskom osoblju, koje je opet podvrgnuto strogim higijenskim i dezinfekcionim postupcima, je zabranjen. Međutim i cijela sela ili slične teritorije mogu biti stavljene u karantin.