Lexus CT 200h je osvojio 94% poena za zaštitu odraslih putnika, 84% za zaštitu djece, 55% za zaštitu pješaka i 86% za sigurnosnu opremu.
Komentarišući kategoriju zaštite odraslih putnika, Euro NCAP naglasio je da je CT 200h ostvario maksimalan broj poena na testu bočnog sudara, dobru zaštitu koju nude zračni jastuci za koljena vozača i suvozača, kao i visok nivo zaštite od trzajne povrede vrata.
Unaprijeđeni nasloni za glavu WIL sistema su konstruisani da budu što bliže glave putnika tokom normalne vožnje. U slučaju sudara od nazad, torzo lako uranja u sjedište, čime se smanjuje razmak između glave putnika i naslona za glavu, što smanjuje rizik od trzajne povrede vrata.
Prvi put u segmentu premium kompaktnih automobila, CT 200h može da se poruči sa sistemom za povećanje bezbjednosti prije sudara (Pre-Crash Safety system – PCS). PCS sistem preventivno zateže prednje sigurnosne pojaseve i aktivira sistem za pomoć pri kočenju kako bi umanjio povrede i materijalnu štetu, te automatski koči ako je sudar neizbježan. Dio sistema je i adaptivni tempomat (Adaptive Cruise Control – ACC) koji automatski usklañuje brzinu CT 200h sa vozilom ispred.