U prvom pojavljivanju pred Tribunalom, 23. juna, Župljanin je odbio da se izjasni o krivici pozivajući se na pravo da o krivici može da se izjasni u roku od narednih 30 dana. Župljanin je tada rekao da će se izjasniti naknadno, pošto još nije dobio optužnicu, a predsjedavajući sudija je uvažio njegov zahtijev i odložio izjašnjavanje.
Župljanin je uhapšen 11. juna u Pančevu, a u Haški tribunal je prebačen 21. juna. Tužilaštvo Haškog tribunala je 17. decembra 1999. godine podiglo optužnicu protiv Župljanina zbog krivičnog djela zločina protiv čovječnosti i kršenja zakona i običaja rata na teritoriji Bosne i Hercegovine 1992. godine.
Župljanin, bivši najviši policijski funkcioner u Autonomnoj oblasti Krajini, u sjeverozapadnoj Bosni tokom ratnih dejstava u periodu 1992-1995. godine i bivši savjetnik nekadašnjeg lidera bosanskih Srba Radovana Karadžića, tereti se za učešće u udruženom zločinačkom poduhvatu koji je imao za cilj da se s tog područja tokom 1992. godine eliminišu i trajno uklone bosanski muslimani i Hrvati.
Haško tužilaštvo ga tereti za ubistvo, progon, mučenje i deportaciju nesrpskih civila, kao i za bezobzirno razaranje gradova, sela i vjerskih objekata u brojnim mjestima.