Pretresno vijeće je Krajišnika 27. septembra 2006. proglasilo krivim za progone, istrebljenje, ubistvo, deportacije i prisilno premještanje nesrpskih civila tokom sukoba u BiH od 1992. do 1995. godine.
Oslobođen je krivice po optužbama za genocid i saučesništvo u genocidu. Krajišnik je osuđen na 27 godina zatvora.
Krajišnik je obavljao više istaknutih funkcija u rukovodstvu bosanskih Srba neposredno prije i tokom rata. Bio je predsjednik skupštine bosanskih Srba, kao i član Glavnog odbora Srpske demokratske stranke i Savjeta za nacionalnu bezbjednost.
Tužilaštvo navodi da je također bio član proširenog Predsjedništva takozvane “Srpske Republike Bosne i Hercegovine”.
Pretresno vijeće je zaključilo da je postojao udruženi zločinački poduhvat, čiji su članovi bili Krajišnik, Radovan Karadžić i druge vođe bosanskih Srba, s ciljem "da etnički prekomponuju teritorije koje je odredilo rukovodstvo bosanskih Srba drastičnim smanjenjem omjera bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata putem protjerivanja".
Sudije su zaključile da je Krajišnikova uloga u činjenju zločina za koje je osuđen bila "ključna".
Optužnica protiv Krajišnika podignuta je 25. februara 2000. godine. Uhapšen je i prebačen na Međunarodni sud 3. aprila 2000., a suđenje je trajalo od 3. februara 2004. do 31. augusta 2006. godine.
Nezapamćen skandal u Rimu: Đoković pogođen flašom u glavu, zaradio je posjekotinu
