Huayra R možda ne izgleda značajno drugačije, ali ipak ima neke unikatne karakteristike i dijelove uključujući atmosferski V12 motor.
Pagani koristi motore iz Mercedesa koji italijanskoj kompaniji isporučuje 6,0-litarske atmosferske V12 motore, međutim, Huayra R je trebala nešto posebno pa se Pagani udružio s Mercedesovom podružnicom HWA AG kako bi se dizajnirao i napravio unikatan motor. Ovaj motor razvija 850 KS te stvara brutalan zvuk.
Iz Paganija tvrde da Huayra zvuči kao bolid Formule 1, a dobila je specijalno razvijeni izduvni sistem od Inconela s cijevima identične dužine za svih 12 cilindara koje su uparene s posebno dizajniranim razvodnicima i završecima izduvnih cijevi. Superautomobil namijenjen isključivo stazi dolazi i s prigušivačima koji mogu biti postavljeni kako bi jačina zvuka bila do 110 decibela, što je propisano pravilima FIA-e.
Huayra R ima karbon-titanijsku monokoknu šasiju koja koristi motor i mjenjač kao integralne dijelove kako bi se povećala čvrstoća i krutost. Snaga se prenosi na stražnje točkove preko 6-stepenog sekvencijalnog mjenjača. Par aktivnih krilaca nazad unapređuju aerodinamiku, a automobil stvara 1.000 kg downforcea pri brzini od 320 km/h. Huayra R je teška ukupno 1.050 kg.
Pagani planira proizvesti samo 30 primjeraka, a svaki će koštati 2,6 miliona eura bez poreza.
