Protesti su izbili kada su objavljene vijesti da se rabin iz Bavarske istražuje jer je izvršio obrezivanje, prenio je BBC.
Presudu je donio sud u Kölnu u junu.
Međutim, njemačka vlada je od tada najavila da će donijeti zakone koji će izričito legalizirati ovu praksu.
Oko hiljadu ljudi se pridružilo protestu kako bi čuli govore vjerskih lidera u Berlinu.
"Ovdje sam kako bih podržao vjerske slobode", rekao je demonstrant Fereshta Ludin za BBC.
Sud u Kölnu presudio je da je tradicionalno obrezivanje muslimanskih dječaka, u skladu s vjerovanjima njihovih roditelja, nanošenje tjelesnih povreda djetetu.
Njemačka medicinska asocijacija je zatim poručila ljekarima diljem zemlje da prestani izvoditi ovaj postupak.
I muslimani i jevreji osjećaju da, bez obzira na namjeru suda, presuda će biti iskorištena kao napad na njihove vjere.