Kujundžić je u oktobru 2009. godine osuđen na 22 godine dugotrajnog zatvora zbog prinudnog preseljenja, nečovječnog postupanja, progona, silovanja i držanja u seksualnom ropstvu, te drugih nečovječnih djela počinjenih 1992. godine nad nesrpskim stanovništvom u Doboju.
Istom presudom on je oslobođen optužbi da je učestvovao u višestrukom mučenju civila u “Perčinom disku”, koje je uključivalo nanošenje ozbiljnih fizičkih povreda, i prisiljavanje civila “da jedu sapun i tuku se između sebe”.
Na ovu presudu žalilo se Tužilaštvo BiH tražeći da se ona poništi u oslobađajućem dijelu i optuženom izrekne duža kazna zatvora, dok je Odbrana zatražila da se presuda ukine i ponovno održi suđenje pred Apelacionim vijećem.
Apelaciono vijeće je djelimično uvažilo žalbu Odbrane i preinačilo presudu u dijelu koji se odnosi na učešće Kujundžića u napadu na selo Grapska (općina Doboj), kao i navodima koji ga terete da je odvodio zarobljenike iz objekta "Perčin disko" u živi štit, te u dijelu koji se odnosi na visinu kazne.
"Žalba Tužilaštva odbija se kao neosnovana, te se prvostepena presuda potvrđuje u oslobađajućem dijelu", saopćeno je iz Suda BiH.
Na ovu presudu ne postoji mogućnost žalbe.
