Žalbeno vijeće je odbilo žalbu Jadranka Prlića čime mu je potvrdilo kaznu od 25 godina zatvora, s tim da će mu biti uračunato vrijeme provedeno u zatvoru. Podsjećamo, Prlić je u pritvoru od aprila 2004. godine.
Također, Žalbeno vijeće je poništilo osudu koja je Prliću stavljena na teret u vezi s rušenjem kuća i zgrada u Varešu, a ostale osuđujuće presude po tačkama optužnice su potvrđene.
Sažetak presudeOd 14. augusta 1992. do kraja aprila 1994., Prlić, kao predsjednik HVO-a, a zatim predsjednik vlade Hrvatske Republike Herceg-Bosne, imao je velike ovlasti de jure i de facto u koordinaciji i rukovođenju radom HVO-a i Vlade. Pored ostalog, imao je ovlasti u vezi sa zatočeničkim centrima HVO-a, konkretno, ovlast za njihovo otvaranje i zatvaranje. Najzad, on je igrao ključnu ulogu u odnosima između HVO-a Hrvatske zajednice (kasnije Republike) Herceg-Bosne i Vlade Hrvatske.
Upravo radeći na tim funkcijama, Prlić je izradio ultimatume iz januara i aprila 1993. godine, upućene Armiji BiH, kojima se od nje traži da se na teritoriji HercegBosne potčini HVO-u. Posljedica tih ultimatuma bile su već pomenute vojne operacije u opštinama Gornji Vakuf, Prozor i Jablanica, u okviru kojih su počinjeni brojni zločini nad muslimanskim stanovništvom. Vijeće je uvjereno da je Jadranko Prlić značajno doprinio ostvarenju tog plana u tim opštinama, tako što je planirao, omogućavao i ohrabrivao zločine koje su počinili pripadnici HVO-a.
Pored toga, Prlić je odobravao hapšenje i zatočavanje koje je HVO u Mostaru sprovodio od 9. maja 1993., i svjesno je zatvarao oči pred akcijama etničkog čišćenja koje su se sa sve više nasilja izvodile tokom ljeta 1993. u Mostaru. Dana 30. juna 1993. Jadranko Prlić je Hrvate ponovo pozvao na oružje protiv Bošnjaka i prihvatio je masovno zatočavanje Bošnjaka, koje je HVO simultano i sistematski vršio u više opština koje je rukovodstvo Hrvatske Zajednice (kasnije Republike) Herceg-Bosne smatralo hrvatskima.
Prlić je podržavao opsadu istočnog Mostara koju je sproveo HVO. Dok je muslimansko stanovništvo pod opsadom živjelo u strašnim uslovima, pod stalnom vatrom i granatiranjem HVO-a, Prlić je lično doprinio blokiranju dostave humanitarne pomoći u taj sektor grada, i to mjesecima.
Prlić je, osim toga, znao za brojne zločine koje su počinili pripadnici oružanih snaga Hrvatske zajednice (kasnije Republike) Herceg-Bosne. Tako je znao i za teške uslove u kojima su Bošnjaci, uhapšeni od strane HVO-a, držani u zatočeništvu u zatvorima u Dretelju, Gabeli i na Heliodromu. Unatoč tome, opravdavao je zatočavanje 10 muslimanskih civila i poricao stvarnost njihovog položaja. Prlić je dakle prihvatao i ohrabrivao te uslove krajnje nesigurnosti, kao i loše postupanje sa zatočenicima u više HVO-ovih zatočeničkih centara.
Takođe, bio je informisan o korištenju zatočenika sa Heliodroma i iz Vojna na frontu, kao i o fizičkom zlostavljanju tih zatočenika za vrijeme rada na liniji fronta ili kad su ih koristili kao živi štit. Zbog toga što nije intervenisao iako je za to imao mogućnost, i ostao na vlasti iako je znao za počinjene zločine, Vijeće smatra da je jedini razumno moguć zaključak taj da je Prlić omogućio i prihvatio da se čine zločini protiv Bošnjaka, u sklopu njihovog sistematskog zatočavanja od strane HVO-a.
Prlić je podržavao i politiku protjerivanja zatočenih Bošnjaka i njihovih porodica, preko Hrvatske u treće zemlje, i učestvovao je u takoreći simultanom iseljavanju Hrvata iz srednje Bosne sa ciljem da se oni nasele na teritorije koje je svojatala Herceg-Bosna. Vijeće ocjenjuje da je jedini razumni zaključak koji se može izvesti taj da je Jadranko Prlić posjedovao namjeru da muslimansko stanovništvo iseli sa teritorije koju je svojatala Herceg-Bosna, kako bi onamo naselio Hrvate iz srednje Bosne.
