Naredbom Štaba vrhovne komande Oružanih snaga RBiH 29. septembra 1992. godine naređeno je da svi Okružni štabovi Teritorijalne odbrane prepotčine se Drugom korpusu. Za prvog komandatna Drugog korpusa imenovan je Željko Knez, a za načelnika Hazim Šadić. U februaru 1993. godine na čelo korpusa dolazi Hazim Šadić, a od 19. novembra 1994. godine pa do kraja rata u BiH na čelu komande je Sead Delić.
U agresiji na BiH od 1992. do 1995. godine kroz jedinice Drugog korpusa prošlo je 120.000 boraca svih nacionalnosti. Nažalost, blizu 11.000 boraca položilo je svoje živote u odbrani domovine, dok je blizu 7.000 iz rata izašlo sa teškim ili lakšim povredama.
Borci Drugog korpusa ratovali su u Brčkom (granica na Savi) te u zonama odgovornosti Zvornik, Teočak i Čelić (granica na Drini). Odlikovanje „Zlatni ljiljan“ dobila su 425 borca Drugog korpusa, dok su iz redova korpusa iznjedrena tri narodna heroja Mehdin Hodžić (Crni labud), Hajrudin Mešić (kapetan Hajro) i Nesib Malkić.
Drugi korpus je oslobodio oko 1.500 kilometara kvadratnih okupirane teritorije, a u sadejstvu sa Trećim korpusom oslobođen je Vareš i preko 150 sela i zaseoka. U okviru Drugog korpusa djelovala je i prva brigada Armije RBiH – Prva tuzlanska brigada. Nekoliko brigada Drugog korpisa proglašeno je viteškim i slavnim.
