Njenu obnovu pokrenuo je Rijaset Islamske zajednice u BiH 2001. godine gdje je prilikom pokušaja grupe vjernika da polože kamen temeljac za izgradnju džamije Ferhadije u Banjoj Luci, više stotina srpskih ekstremista spriječilo taj čin te u eskalaciji etničkog nasilja nezabilježenog od okončanja rata u BiH, gdje je smrtno stradala jedna osoba, a desetine zadobile povrede.
Do sada su završeni svi infrastrukturni radovi, a preostali su radovi na stolariji i uređenju unutrašnjosti džamije. Početkom aprila potpisan je sporazum prema kojem će Turska agencija za međunarodnu saradnju i razvoj (TIKA) finansirati preostali dio obnove džamije Ferhadije u Banjoj Luci, nakon što su radovi na obnovi zaustavljeni već godinu.
U BiH 7. maj nakon završetka agresije na BiH proglašen je Danom džamija.
Inače, džamija Ferhadija predstavljala je jedno od najuspješnijih arhitektonskih zdanja bosanske arhitekture u vrijeme Osmanlija u 16. stoljeću. Izgrađena 1579. godine u čast Ferhat bega Sokolovića. U kulturnu baštinu BiH uvrštena je 1950. godina, a zatim i na listu spomenika svjetske baštine pri UNESCO-u.
Prošle godine prvi put nakon agresije banjalučki muftija Edhem ef. Čamdžić proučio je ezan s munare Ferhadije.
