Tokom operacije su počinjeni i zločini nad civilnim stanovništvom o kojem svjedoče preživjeli, međutim Tužilaštvo BiH još nije podiglo optužnice za te zločine. Jedan od najstravičnijih odnosi se na izbjegličku kolonu žena, djece i staraca koji su u noći 12. na 13. septembar krenuli iz Donjeg Vakufa ka Banjoj Luci. Ručnim raketama su gađani autobusi i kolona civila koji su pokušavali pobjeći, međutim tada je desetine njih ubijeno, a mnogi su i zarobljeni te kasnije ubijeni.