Sudsko vijeće je 11. jula 2006. godine izreklo presudu kojom je Boban Šimšić proglašen krivim za krivično djelo zločina protiv čovječnosti, te je osuđen na kaznu zatvora u trajanju od pet godina.
Šimšić je optužen da je u vrijeme širokog ili sistematičnog napada srpske vojske i policije, te paravojnih srpskih formacija, usmjerenih protiv civilnog bošnjačkog stanovništva na području općne Višegrad, u periodu od aprila do jula 1992. godine, pomagao u vršenju prisilnog nestanka civila bošnjačke nacionalnosti i u izvršenju silovanja nad civilima bošnjačke nacionalnosti, u prostorijama škole "Hasan Veletovac" u Višegradu.
Apelaciono vijeće je rješenjem od 5. januara 2007. godine uvažilo žalbe Tužilaštva BiH i branioca optuženog, te ukinulo presudu Sudskog vijeća i odredilo održavanje pretresa pred Apelacionim vijećem.