Najveći problem cijelog tog projekta Eu4agri je veoma selektivan pristup, potpuno ne razumijevanje situacije u Bosni i Hercegovini i zaista nedostatak transparentnosti. Tu je i probijanje rokova, a što je najtužnije kroz projekat se neki narodi favorizuju. Što svakako nije dobro u ionako na žalost podijeljenoj zemlji.