Neimenovani glasnogovornik kazao je da će im se suditi za špijuniranje i "kovanje zavjere protiv islama", prenio je BBC.
Dva čovjeka, koja su obučavala vladine snage, oteli su naoružani napadači u utorak u hotelu u Mogadishuu i predali pobunjeničkoj grupi Al-Shabab.
Al-Shabab i njihovi saveznici kontroliraju veliki dio južne Somalije.
Još nije određen datum suđenja, kazao je zvaničnik Al-Shababa.
Zarobljeni su se nalazili u zvaničnoj misiji obučavanja snaga privremene vlade, koja je nedavno zatražila stranu pomoć kako bi se borila s islamskim pobunjenicima.
Umjereni islamski predsjednik šeik Sharif Sheikh Ahmed preuzeo je u januaru ovu poziciju nakon potpisivanja mirovnog sporazuma, dogovorenog uz podršku UN-a.
On je obećao uvođenje šerijatskog zakona, ali tvrdolinijaši ga optužuju za kolaboraciju sa Zapadom.
Somalija nema funkcionalnu nacionalnu vladu od 1991. godine.