Krajišnik, bivši predsjednik Skupštine RS-a, u septembru 2006. godine nepravosnažno je osuđen na 27 godina zatvora za zločine protiv čovječnosti, progon, istrebljenje, ubistva i deportaciju nesrba širom BiH.
Osuđen je i za učešće u udruženom zločinačkom poduhvatu sa drugim liderima bosanskih Srba. Istom presudom Krajišnik je oslobođen krivice za genocid i saučesništvo u genocidu.
Žalbe na prvostepenu presudu uložile su sve strane i sam optuženi, pri čemu se Tužilaštvo, između ostalog, žalilo na "neprimjereno malu kaznu", dok je optuženom bilo dozvoljeno da u žalbenom postupku kao svjedoka sasluša Radovana Karadžića, bivšeg predsjednika RS-a koji u Haagu čeka početak suđenja za ratne zločine i genocid u BiH.
Karadžić, koji je saslušan 5. novembra 2008. godine, negirao je da je Krajišnik bio član Ratnog predsjedništva RS-a, te njegov blizak saradnik i “broj dva u Republici Srpskoj”.
Također je negirao činjenicu koju je utvrdilo prvostepeno Vijeće, da je Krajišnik imao ulogu u formiranju kriznih štabova, ratne komisije, regionalnih i općinskih struktura, osnivanju Srpske demokratske stranke (SDS) i Teritorijalne odbrane.