Gotovina, Čermak i Markač optuženi su za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu čiji je cilj prema tvrdnjama Tužiteljstva bilo prisilno i trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz regije Krajina u Hrvatskoj. Ofanziva poznata kao operacija "Oluja" trajala je od 4. augusta do 15. novembra 1995. Navodi se da su trojica optuženika ključni sudionici udruženoga zločinačkog pothvata.
Prema optužnici, među drugim sudionicima bili su Franjo Tuđman, predsjednik Hrvatske, Gojko Šušak, ministar obrane, Janko Bobetko, načelnik Glavnog stožera Hrvatske vojske do jula 1995., i njegov nasljednik na tom položaju od jula 1995. Zvonimir Červenko. Sva četvorica u međuvremenu su umrla.
Navodi se da su trojica optuženika tokom tri mjeseca operacije zapovijedali hrvatskim snagama koje su počinile brojna kršenja međunarodnog humanitarnog prava u regiji južna Krajina, uključujući sljedeće zločine navedene u optužnici:
-
Ubojstvo barem 37 srpskih stanovnika Krajine u općinama Knin, Orlić, Kistanje, Ervenik i Donji Lapac.
-
Sustavno paljenje ili uništavanje na druge načine i pljačkanje sela u kojima su živjeli krajinski Srbi, uključujući sela u općinama Benkovac, Donji Lapac, Drniš, Ervenik, Gračac, Kistanje, Knin, Lišane Ostrovičke, Lovinac, Nadvoda, Obrovac, Oklaj, Orlić, Polača, Titova Korenica i Udbina.
-
Nečovječno postupanje prema velikom broju srpskih stanovnika Krajine, uključujući otvaranje vatre, premlaćivanje, ubode, prijetnje i nanošenje opekotina.
- Planiranje, poticanje i podržavanje prisilnog premještanja i deportacije srpskog stanovništva Krajine iz južnih dijelova regije u Bosnu i Hercegovinu i Srbiju, kao i sprečavanje njihovog povratka.
U optužnici se navodi da je Gotovina bio glavni operativni zapovjednik operacije "Oluja" u južnom dijelu Krajine i da je imao aktivnu ulogu u planiranju i pripremanju vojne akcije. Prema navodima optužbe, on je također znao za raširena razaranja, ubijanja i nečovječno postupanje prema srpskom stanovništvu Krajine, a nije spriječio zločine ni kaznio i disciplinirao svoje podređene.
Čermak je imenovan zapovjednikom Zbornog mjesta Knin prvog dana operacije "Oluja" i predstavnikom Vlade Republike Hrvatske koji je bio zadužen za kontakte s predstavnicima međunarodne zajednice i medija u vezi s vojnom akcijom. Tužiteljstvo tvrdi da je bio odgovoran za održavanje reda, stege i nadziranje ponašanja vojnoga i policijskog osoblja, te navodi da tokom operacije tu zadaću nije ispunio.
Markač je bio zapovjednik Specijalne policije. Navodi se da je na tom položaju imao stvarnu kontrolu nad svim pripadnicima Specijalne policije koji su sudjelovali u operaciji "Oluja". U optužnici se također navodi da je bio zadužen za raketno-topničke postrojbe Hrvatske vojske pridodane njegovim snagama ili stavljene pod njegovo zapovjedništvo u razdoblju na koje se odnosi optužnica.
Prvobitna optužnica protiv Gotovine podignuta je 8. juna 2001., a izmijenjena je u julu iste godine. Prvobitne optužnice protiv Čermaka i Markača podignute su 24. februara 2004., a izmijenjene u decembru 2005. Spojena optužnica podnesena je 21. jula 2006., a zatim je 2. marta 2007. podnesena modificirana verzija optužnice. Raspravno vijeće trenutačno ima pred sobom prijedlog izmijenjene spojene optužnice koju je Tužiteljstvo podnijelo 22. februara 2008.
Nakon što je bio više od četiri godine u bijegu, Gotovina je uhićen u Španjolskoj u decembaru 2005. Markač i Čermak predali su se ICTY-u nekoliko dana nakon što je podignuta optužnica, 2004. godine. Sva trojica su se 5. decembra 2006. očitovala da nisu krivi po tačkama spojene optužnice.
Čermak i Markač privremeno su pušteni na slobodu tri puta od 2004. Privremeno puštanje Markača na slobodu prekinuto je u decembru 2007. jer je prekršio uvjete puštanja na slobodu. Čermak se vratio u pritvor Međunarodnog suda 5. marta 2008, saopćeno je iz ICTY-a.
