Vođa Srpske radikalne stranke optužen je za progone na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, deportaciju, ubistva, mučenja, okrutno postupanje, razaranje i pljačkanje javne i privatne imovine u Hrvatskoj, Vojvodini i Bosni i Hercegovini od 1991. do 1993. godine.
Šešelj se predao 23. februara 2003. godine i narednog dana je izručen Međunarodnom kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju, pred kojim se krajem marta te godine izjasnio da nije kriv ni po jednoj tački optužnice.
Suđenje mu je počelo 7. novembra 2007. godine, ali je sredinom februara 2009. na zahtjev Tužilaštva odgođeno zbog sumnje da su neki svjedoci zastrašivani. Sud je do tada saslušao 11 svjedoka.
Preostalih šest svjedoka je u međuvremenu saopćilo da ne žele svjedočiti za Tužilaštvo, već za odbranu optuženog i suci su odlučili da će njih šestoricu i još jednog svjedoka, u interesu pravde, saslušati Raspravno vijeće.
Nastavak suđenja zakazan je za 12. i 13. januar, navedeno je na web stranicama ICTY-a.
Odvojeno od ovog postupka, Šešelj je početkom prošle godine optužen i za nepoštivanje suda zbog objavljivanja imena i drugih osobnih detalja trojice zaštićenih svjedoka i 24. jula je, po toj optužbi, osuđen na 15 mjeseci zatvora, a početkom oktobra je na tu presudu uložio žalbu.
