U sudskim dokumentima navodi se da je Mujagić bio na čelu voda snaga autonomne oblasti Zapadna Bosna, regiona koji se odvojio od sarajevskih vlasti tokom rata u BiH, i počinio je zločine nad zarobljenim pripadnicima Armije BiH nakon sukoba 6. marta 1995. godine.
Mujagić (50) je optužen za ubistvo pripadnika Armije BiH, te ranjavanje i mučenje ratnog zarobljenika,
Peebles, koji je sudija Okružnog suda u Syracuzei, istakao je da Mujagićev slučaj zadovoljava zahtjeve za ekstradiciju prema sporazumima sklopljenim između SAD i BiH.
Mujagić se nije opirao prilikom hapšenja u novembru prošle godine u stanu iznad prodavnice, čiji je vlasnik. Smješten je u pritvor gdje čeka pokretanje istrage.
Neimenovani zvaničnik američkih sigurnosnih snaga rekao je da su federalne vlasti početkom 2008. godine dobile dojavu da Mujagić živi u Utici od 1997. godine.