Optužnica ga tereti za počinjena djela, od 6. jula do 1. novembra 1995. godine, za vrijeme široko rasprostanjenog i sistematičnog napada usmjerenog protiv pripadnika bošnjačkog civilnog stanovništva zaštićene UN-a Srebrenica i Žepa u toku kojeg su VRS i MUPRS izveli operaciju trajnog i prisilnog premještanja bošnjačkog civilnog stanovništva iz zaštićene zone UN-a Srebrenica i Žepa.
Tomislav Kovač, kao komadant Štaba policijskih snaga MUPRS-a i zamjenik ministra i ministar MUPRS-a sa svim ovlaštenjima ministra MUP-a, djelujući individualno i u dogovoru s drugim učesnicima udruženog zločinačkog poduhvata, koji su imali namjeru i zajednički cilj da djelimično istrijebe grupu bošnjačkog naroda enklave Srebrenica prisilnim premještanjem oko 40.000 žena, djece i staraca i pogubljenjima po kratkom postupku oko 8.000 muškaraca i mladića Bošnjaka, svjestan činjenice da se njegovo ponašanje i postupci odvijaju u okviru rasprostranjenog ili sistematskog napada usmjerenog na prisilno preseljenje civilnog bošnjačkog stanovništva i masovne likvidacije muškaraca Bošnjaka, što će rezultirati djelimičnim uništenjem grupe bošnjačkog stanovništva zaštićene UN zone Srebrenica, preduzimao aktivnosti na planiranju, pripremi, podržavanju, pomaganju i izvršenju krivičnih djela pobliže opisanih u optužnici, čime je dao značajan doprinos ostvarivanju zajedničkog cilja.
Optužnica je potvrđena bez vraćanja na doradu Tužilaštvu Bosne i Hercegovine, a ista će optuženom Tomislavu Kovaču biti uručena putem međunarodne pravne pomoći, jer se optuženi nalazi u Republici Srbiji, saopćeno je iz Suda BiH.