Prvostepenom presudom Momčilo Mandić je oslobođen optužbi da je počinio krivična djela Ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 173. stav 1. tačke c) i e) i Zločini protiv čovječnosti iz člana 172. stav 1. tačka h) u vezi sa tačkama a), e), f), i) i k), sve u vezi sa članom 180. stav 1. i 2. Krivičnog zakona BiH (KZ BiH).
Protiv prvostepene presude žalbu je izjavio tužilac Tužilaštva BiH i to zbog bitnih povreda odredaba krivičnog postupka i pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja, te odluke o krivičnopravnoj sankciji.
Branioci optuženog i optuženi lično, dostavili su odgovore na žalbu u kojima su u cijelosti osporili navode iz iste, te predložili Apelacionom vijeću da istu odbije kao neosnovanu i u cijelosti potvrdi prvostepenu presudu.
Apelaciono vijeće u svojoj odluci, vezano za optužbu da je Mandić odgovoran, po individualnoj i komandnoj odgovornosti, za krivično djelo Ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 173. stav 1. tačke c) i e), navodi da je prvostepeni sud pravilno zaključio da oružani incident u Školskom centru Vraca, ne ispunjava uslove oružanog sukoba propisane članom 1. stav 1. Dodatnog protokola II Ženevskih konvencija, te da se izvan razumne sumnje ne može zaključiti da je u Centar Vraca optuženi došao u svojstvu Zamjenika ministra za unutrašnje poslove Srpske republike BiH, dakle kao lice koje je imalo naredbodavnu ulogu nad policijskim snagama.
U svojoj odluci, a vezano za individualnu i komandnu odgovornost za krivično djelo Zločini protiv čovječnosti iz člana 172. stav 1. tačka h) u vezi sa tačkama a), e), f), i) i k), Krivičnog zakona BiH, Apelaciono vijeće je, između ostalog, navelo da je prvostepeni sud pravilno utvrdio da nije dokazana odgovornost optuženog za događaje u KPZ Foča, Butmir i Planjina kuća, za period kada je optužani vršio funkciju Ministra pravde u vladi Srpske Republike BiH.
Apelaciono vijeće ukazuje da je važno i neophodno napraviti razliku između grupa ljudi ili različitih lanaca komandovanja u situacijama kada se aktivnosti tih grupa ili lanaca komandovanja preklapaju djelimično, ali ne u cjelosti. Stoga se može izvući zaključak da su u svim slučajevima, kao dokaz odgovornosti nadređenog, potrebni uvjerljivi dokazi stvarnog vršenja komandovanja ili kontrole nad grupom podređenih koji se mogu identifikovati. A ti podređeni moraju biti lica koja su počinila zločine koji predstavljaju osnovu optužbe.
Polazeći od rezultata izvedenih dokaza i jasnih stanovišta međunarodne krivičnopravne prakse iz domena komandne odgovornosti, i po mišljenju Apelacionog vijeća, sasvim je logičan zaključak prvostepenog suda da Ministarstvo pravosuđa i uprave Srpske republike Bosne i Hercegovine, nije izričito iskazivalo ingerenciju nad zarobljenim licima, te da stoga ne postoji ni pouzdan zaključak o tome da je optuženi Momčilo Mandić, ili de iure ili de facto, kao ministar pravde, imao efektivnu kontrolu nad događajima i radnjama vezanim za hapšenje, zatvaranje, tretman zatvorenika, njihovo odvođenje ili otpuštanje, a koji su bili izvan dijela kazneno-popravnih zavoda nad kojim je po zakonu upravljalo Ministarstvo za pravosuđe i upravu, na čijem čelu je bio optuženi, saopšteno je iz Suda BiH.