Nikolić je nedavno donio odluku da dobrovoljno ode u Haaški tribunal kako bi, kako je rekao, pomogao svom narodu, državi i svojoj porodici i skinuo teret s države. On je optužen po osnovi individualne kaznene odgovornosti po jednoj tački za genocid ili alternativno, sudioništvo u genocidu u Srebrenici.
Optužnica, koja je potvrđena 6. septembra 2002., Nikolića tereti i za zločine protiv čovječnosti, istrebljenje, progone na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, za kršenje zakona i običaja ratovanja i ubistvo.
U optužnici je navedeno da je tokom napada bosanskih Srba u julu 1995. na srebreničku enklavu i ubijanja muškaraca i mlađih bosanskih muslimana Nikolić imao čin drugog poručnika i bio načelnik za sigurnost Glavnog štaba VRS-a 1. lake pješačke brigade u Zvorniku.
Vlada Srbije je najavila da će dati sve potrebne garancije da Nikolić bude pušten na slobodu do početka suđenja i da će pružiti potrebnu pomoć njegovoj porodici.
