U prvoj tački za genocid, Karadžića se tereti za genocid nad Bošnjacima i Hrvatima na području deset općina - Višegradu, Prijedoru, Bratuncu, Foči, Brčkom, Ključu, Kotor Varoši, Sanskom Mostu, Vlasenici i Zvorniku koji su počinjeni tokom 1992. godine, a u drugoj, za genocid u Srebrenici počinjen nad Bošnjacima u julu 1995. godine.
Karadžića optužnica, također, tereti da je odgovoran za dugotrajnu kampanju granatiranja i snajperskog djelovanja usmjerenu protiv civilnog stanovništva Sarajeva, u kojoj je, tokom 44 mjeseca opsade glavnog grada, ubijeno i ranjeno na hiljade civila, među kojima i djeca i starije osobe.
Karadžić je optužen i da je naređivao, podsticao, pomogao ili počinio progone, istrebljenje, ubistva, deportacije, prisilna preseljenja, silovanja, nezakonit napad na civile, mučenja i ubijanja logoraša nesrpske nacionalnosti. Na teret mu se stavlja i uzimanje oko 200 pripadnika UN-a, među kojima najviše Francuza, za taoce i živi štit protiv zračnih napada NATO-a.
U optužnici, se navodi se da je Karadžić zločine počinio u dogovoru s drugim učesnicima tog zločinačkog poduhvata Momčilom Krajišnikom, Ratkom Mladićem, Slobodanom Miloševićem, Biljanom Plavšić, Nikolom Koljevićem, Mićom i Jovicom Stanišić, Momčilom Mandićem, Frankom Simatovićem, te sa Željkom Ražnatovićem zvanim Arkan i Vojislavom Šešeljem.
Njihov cilj je bio trajno uklanjanje bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata sa područja BiH.
“Znajući da su progon, istrebljivanje i ubistva moguća posljedica realizacije cilja Karadžić je svjesno preuzeo taj rizik iako je bio obavezan na osnovu funkcija koje je obnašao u to vrijeme, da poduzme odgovarajuće korake da osigura da politički i državni organi bosanskih Srba i/ili snage bosanskih Srba djeluju da bi zaštitili bosanske Muslimane i bosanske Hrvate koji borave na područjima pod njihovom kontrolom. Također, bio je obavezan i da provede istragu o takvim zločinima i/ili uhapsi i/ili kazni počinioce takvih zločina”, navodi se u optužnici.
Naime, Karadžić je bio jedan od članova osnivača Srpske demokratske stranke Bosne i Hercegovine (SDS BiH), koja je osnovana 12. jula 1990. godine. Od njenog osnivanja pa do 19. jula 1996. godine, kada je dao ostavku, Karadžić je bio i predsjednik stranke. Osim toga obavljao je funkcije predsjedavajućeg Savjeta za nacionalnu bezbjednost takozvane Srpske Republike Bosne i Hercegovine, potom član tročlanog Predsjedništva RS-a, a onda i predsjednik Predsjedništva. Karadžić je bio i vrhovni komandant oružanih snaga RS-a do 17. decembra 1992., kada je postao jedini predsjednik RS-a.
S obzirom da je bio bio najviša civilna i vojna vlast u RS-u snosi i individualnu krivičnu odgovornost da je planirao, podsticao, naredio, počinio i/ili pomagao u zločinima koji mu se stavljaju na teret.
