Nikolića (51) raspravno vijeće je 2. decembra 2003. osudilo na 27 godina zatvora na temelju nagodbe s Tužiteljstvom po kojoj je priznao krivnju za progon i pristao na suradnju a zauzvrat su povučene optužbe za genocid, istrebljenje i druge zločine.
"Njegovo priznanje krivnje za progon odnosi se na događaje u istočnoj Bosni nakon pada Srebrenice, ubistva hiljada bošnjačkih civila, muškaraca, žena i djece...zatočenje, mučenje, okrutno i nehumano postupanje prema civilima na području Srebrenice, Potočara, Bratunca i Zvornika", navedeno je u presudi.
Kao načelnik sigurnosti Bratunačke brigade VRS Nikolić je sudjelovao u organizaciji transporta i likvidacija hiljada Bošnjaka zarobljenih nakon pada Srebrenice 11. jula 1995.
Tužitelji su za njega tražili kaznu u rasponu od 15 do 20 godina zatvora a obrana do 10 godina. Na presudu se žalila samo obrana, navodeći, među ostalim, kako dosuđena kazna nije razmjerna onima u predmetima Krstić, Blagojević, Obrenović i Kordić.
Na žalbenoj raspravi održanoj 5. decembra 2005. Nikolićevi branitelji nisu iznijeli argumente za tri od 12 žalbenih osnova, pa ih je vijeće odmah odbacilo. U obrazloženju današnje pravomoćne presude vijeće je od devet preostalih žalbenih osnova prihvatilo dvije u cijelosti i jednu djelomice, a ostale je odbacilo.
Žalbeno vijeće utvrdilo je kako je raspravno vijeće pogriješilo kada je Nikolićevu ulogu kod težine zločina dva puta uzelo kao otežavajuću okolnost, te kada je jednu "vrlo nezgodnu grešku u prijevodu" ugradilo u presudu u kazni.
Naime, kako se navodi u obrazloženju, raspravno vijeće je pogriješilo kod odmjeravanja kazne zbog pogrešno prevedene izjave branitelja u završnoj riječi.
Umjesto navoda branitelja kako je u kampanji VRS nakon pada Srebrenice bilo "oko 7.000 ubijenih", pogrešno je prevedeno "samo 7.000 ubijenih", čime je vijeće bilo "vrlo uznemireno".
Djelomično je prihvaćen žalbeni osnov po kojem kao olakšavajuća okolnost nije dovoljno vrednovana Nikolićeva potpuna suradnja s Tužiteljstvom. Raspravno vijeće je, naime, utvrdilo da je Nikolić "okolišao" s priznanjem, vezano za činjenicu da je njegovo prvo priznanje Tužiteljstvu bilo lažno, što je kasnije ispravio.
Žalbeno vijeće zaključilo je kako utvrđene greške raspravnog vijeća opravdavaju smanjenje kazne za sedam godina, te mu preinačilo presudu i izreklo kaznu od 20 godina zatvora.
Nikoliću će u kaznu biti uračunato vrijeme provedeno u pritvoru ICTY-a u Scheveningenu, u kojem će ostati dok se ne dovrši organizacija njegovog prebacivanja u zemlju izdržavanja kazne.
Nikolić je u pritvoru od 2. aprila 2002. godine.
