Razlozi za pokretanje disciplinskog postupka su da direktor ove upravne organizacije opterećuje odnose sa subjektima s kojima neposredno sarađuje i komunicira, a posebno s resornim ministarstvom.
Također, navodi se da je Dejan Todorović samovoljno iznosio neusaglašene stavove koji nanose štetu i ugledu resornog ministarstva i same Direkcije, što je u suprotnosti s tačkom 12. Kodeksa ponašanja službenika RS-a, te da korespondira s institucijama Vijeća ministara BiH, bez utvrđivanja zajedničkih stavova o pojedinim pitanjima s resornim ministrom.
U inicijativi se navodi da je Todorović odgovoran za trošenje sredstava od preleta, bez jasno utvrđenih kriterija, a koja iznose 11.365.759,27 KM (od 31.decembra 2002. do 22. februara 2008. godine), bez podnošenja izvještaja o njihovom utrošku; za nepoštivanje zakonske regulative i neovlašteno povećanje plaća zaposlenim mimo važećih propisa, koji regulišu tu oblast.
Između ostalog, navodi se da je Todorović samoinicijativno obustavio i zabranio rad predstavnika Republike Srpske u timovima za implementaciju BH ATM strategije koju je usvojilo Vijeće ministara, a koja tretira budući status civilnog vazduhoplovstva RS-a i BiH.
U Čubrilovićevoj inicijativi se navodi da je, prema važećem Zakonu o ministarstvima, Republička direkcija za civilnu vazdušnu plovidbu upravna organizacija u sastavu Ministarstva saobraćaja i veza kojom rukovodi direktor i koji je, prema odredbama Zakona o administrativnoj službi u upravi RS-a , službenik u rangu pomoćnika ministra i za svoj rad odgovara ministru.
Za realizaciju ovog zaključka zadužena je Disciplinska komisija Vlade RS-a.