Manjine se suočavaju s diskriminacijom, uključujući i onom u zapošljavanju i obrazovanju. Povratak izbjeglica i raseljenih osoba je i dalje spor, dodaje se u izvještaju.
Politička paraliza odgodila je napredak BiH u integraciji u EU većim dijelom 2007. Sporazum o stabilizaciji i pridruženju s EU konačno je iniciran u decembru nakon što je Vijeće ministara BiH usvojilo akcioni plan policijske reforme, kao preduslov za zaključenje sporazuma, navodi se u izvještaju.
U poglavlju o suđenjima za ratne zločine pred ICTY-em navodi se kako je Tribunal nastavio sa suđenjima navodnim počiniocima ratnih zločina i zločina protiv čovječnosti. Na osnovu "završne strategije" određene u rezolucijama Vijeća sigurnosti, očekuje se da Tribunal završi sva suđenja, uključujući i ona po osnovu žalbi, do 2010. godine.
Izvještaj također spominje presudu od 15 godina zatvora Draganu Zelenoviću zbog mučenja i silovanja Bošnjakinja u Foči, prebacivanje Zdravka Tolimira u pritvorsku jedinicu nakon hapšenja na granici između Srbije i BiH, zbog optužbi za zločine počinjene u Srebrenici, presudu od 33 godine zatvora Dragomiru Miloševiću za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti tokom opsade Sarajeva. Također se navodi kako se saradnja između Haškog tribunala i vlasti BiH i entiteta RS nastavlja da poboljšava. U junu je glavna tužiteljica izjavila da je nivo saradnje s njenim uredom zabilježio napredak i da je općenito zadovaljavajući, navodi se u izvještaju.
U februaru je Međunarodni sud pravde presudio u slučaju protiv Srbije i Crne Gore, potvrđujući da je počinjen genocid u Srebrenici.
U poglavlju o krivičnim progonima za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti, aktivnost domaćih sudova uglavnom je ocijenjena pozitivno, iako nedovoljna uzimajući u obzir obime počinjenih zločina.
Amnesty International navodi da se za više od 13.000 ljudi koji su nestali tokom rata još ništa ne zna. Mnogi od nestalih žrtve su prisilnih odvođenja iz svojih domova, sudeći po Međunarodnoj komisiji za nestale osobe. Također se kritikuje spori napredak u prebacivanju ovlasti s komisija FBiH i RS za nestale osobe na državni institut za nestale osobe. U novembru je Vijeće ministara BiH usvojilo brojne dokumente, uključujući i statut Državnog instituta, koji bi mu omogućio da započne sa svojim aktivnostima.
U ekshumaciji masovne grobnice u Kamenici otkriveno je 76 kompletnih i 540 nekompletnih tijela. Za posmrtne ostatke vjeruje se da su žrtve ubistava u Srebrenici u 1995. od snaga bosanskih Srba. U decembru 2006. komisija koja je dobila zadatak da istraži nestanak pukovnika Armije BiH Avde Palića ponovo je aktivirana, ali su pokušaji da se pronađu njegovi posmrtni ostaci i istraže okolnosti nestanka ostali bez uspjeha.
U poglavlju o izbjeglicama i raseljenim osobama navodi se da se više od milion izbjeglica i raseljenih osoba od procijenjena 2,2 miliona ljudi raseljenih tokom rata vratilo svojim domovima, ali se ističe da je napredak u povracima ograničen. Manjine se i dalje suočavaju s diskriminacijom na polju društvenih i ekonomskih prava, a uskraćivnje pristupa poslu najveća je prepreka održivom povrstku izbjeglica i raseljenih osoba, ukljkučujući i diskriminaciju na etničkoj osnovi.
U izvještaju se također kritukuje protuzakonito prebacivanje u Guantanamo Bay šest ljudi alžirskog porijekla, loš odnos prema zatvorenicima u domaćim zatvorima, diskriminacija manjina, prije svih Roma, nasilje u porodici, posebno nasilje nad ženama i ostali slučajevi kršenja ljudskih prava u BiH.
