Prema potvrđenoj optužnici Tužilaštva BiH, Raguž je od augusta do kraja oktobra 1993. godine učestvovao u ispitivanju i fizičkom zlostavljanju zatvorenih civila Bošnjaka u “Koštanoj bolnici” u Stocu. Na teret mu je stavljeno i nezakonito zatvaranje civila.
Sud BiH je početkom septembra 2011. potvrdio optužnicu protiv Veselka Raguža, nekadašnjeg komandanta Četvrte bojne “Knez Domagoj” HVO-a, i Ive Raguža, pripadnika iste brigade, kojom se terete za zločine u Stocu i Čapljini počinjene u julu i augustu 1993. godine.
Prema optužnici, Veselko Raguž je “naređivao, pomagao ili neposredno učestvovao” u nezakonitom hapšenju i zatvaranju civila, te preseljenju bošnjačkih žena i djece, kao i u fizičkom zlostavljanju i mučenju zatvorenih civila u tim gradovima.
Na teret mu je stavljeno da takve radnje, iako je znao za njih, nije spriječio niti kaznio pripadnike brigade kojom je komandovao, niti druge vojnike HVO-a nad kojima je imao stvarnu kontrolu. Ivo Raguž je optužen da je učestvovao u fizičkom zlostavljanju zatvorenih civila.
