Waldheimova karijera je krajem osamdesetih bila zasjenjena otkrićem da je cijelog života prikrivao svoje veze s nacističkim organizacijama te da je jedinica Wehrmachta u kojoj je kao časnik služio za vrijeme Drugog svjetskog rata počinila ratne zločine na teritoriju bivše Jugoslavije i Grčke.
Nije dokazano da je Waldheim lično odgovoran za ratne zločine, piše New York Times.
Waldheimova osmrtnica u New York Timesu opisuje ga kao vjerojatno jedinog stranca koga je odlikovao i Ante Pavelić i Josip Broz Tito.
Kada se 1986. otkrilo da ga je NDH 1942. odlikovala Ordenom kralja Zvonimira, za sudjelovanje u borbama na Kozari, Kurt Waldheim je rekao da su "taj orden dobivali svi njemački časnici u Hrvatskoj, odnosno da su se ordeni kralja Zvonimira dijelili kao čokolade".
Njujorški dnevnik navodi i riječi bivšega jugoslavenskog obavještajca Antona Kolendića, koji tvrdi da je 1948. Jugoslavija dodala Waldheimovo ime popisu ratnih zločinaca koji je sastavljala Komisija Ujedinjenih naroda za ratne zločine.
No, nakon raskida sa Staljinom, Jugoslavija je postala neutralna, odustala je od teritorijalnog spora s Austrijom oko Koruške, i više nije imala interesa za Waldheimov slučaj, tvrdi Anton Kolendić.
Američki historičar Edwin Herzstein o Waldheimu kaže da ''on nije bio psihopat kao Josef Mengele ili rasist prepun mržnje poput Adolfa Hitlera.
Waldheimova "običnost" vjerojatno je i najvažnija njegova karakteristika. Povijest nas međutim uči da Hitler i Mengele nikad ne bi bili u stanju počiniti svoje zločine da nije bilo stotina hiljada "običnih ljudi" poput Kurta Waldheima – "dobronamjernih ali i ambicioznih'', kaže Herzstein.
