Krajišnik je obavljao više visokih funkcija u rukovodstvu bosanskih Srba neposredno prije i za vrijeme rata od 1992. do 1995. godine. Bio je predsjednik skupštine bosanskih Srba, član Glavnog odbora Srpske demokratske stranke, kao i član Savjeta za nacionalnu bezbjednost.
Utvrđeno je da je Krajišnik bio učesnik udruženog zločinačkog poduhvata koji je imao za cilj promjenu etničkog sastava na teritorijama pod kontrolom bosanskih Srba i to tako što će se počinjenjem raznih zločina udio nesrba drastično smanjiti. Vođstvo tog udruženog zločinačkog poduhvata bilo je bazirano u glavnom gradu bosanskih Srba na Palama, i sastojalo se od Krajišnika, Radovana Karadžića i drugih vođa bosanskih Srba.
Žalbeno vijeće je 17. marta 2009. godine utvrdilo da je Krajišnik kriv za deportacije, prisilno premještanje i progon civila bosanskih Muslimana i Hrvata, uključujući žene, djecu i starije osobe. Ti zločini počinjeni su od aprila do decembra 1992. godine u opštinama Zvornik, Banja Luka, Sanski Most, Sokolac, Prnjavor, Bratunac, Bijeljina, Bosanska Krupa i Trnovo.
Ranija presuda Pretresnog vijeća za ubistvo, istrebljenje i progon – s izuzetkom deportacija i prisilnog premještanja – ukinuta je presudom Žalbenog vijeća.
Podaci o ovom predmetu dostupni su na internet stranici Međunarodnog suda. Od svog osnivanja prije 16 godina, Međunarodni sud je podigao optužnice protiv 161 lica za teška kršenja humanitarnog prava počinjena na teritoriji bivše Jugoslavije od 1991. do 2001. godine. Postupci protiv 120 lica su okončani.
