Milošević je umro 11. ožujka 2006. godine od infarkta u svojoj ćeliji u pritvoru Haaškog tribunala, tijekom suđenja za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti na Kosovu i u Hrvatskoj, kao i za genocid u Bosni i Hercegovini.
Među članovima SPS-a koji su položili vijence bili su aktualni ministri u srbijanskoj vladi Žarko Obradović, Milutin Mrkonjić i Petar Škundrić. Polaganju vijenaca nije nazočio sadašnji predsjednik SPS-a i ministar unutarnjih poslova Ivica Dačić, koji se nalazi u službenom posjetu Bugarskoj.
Haaški sud je Miloševića optužio 27. svibnja 1999. godine za zločine tijekom sukoba na Kosovu. Nakon što je, temeljem uredbe srbijanske vlade, izručen haaškom sudu 28. lipnja 2001. godine, Milošević je 9. listopada 2001. optužen i za zločine u Hrvatskoj, a 23. studenog iste godine zbog genocida u Bosni i Hercegovini.
Suđenje Miloševiću u Den Haagu započelo je 12. veljače 2002. godine dokaznim postupkom za zločine na Kosovu, a potom i za zločine u Hrvatskoj i BiH, dok je postupak njegove obrane započeo 31. kolovoza 2004. godine.
Nakon smrti koja ga je zatekla u haaškom pritvoru njegova obitelj i visoki dužnosnici zatražili su od gradskih i republičkih vlasti dozvole da Milošević, uz državne počasti, bude pokopan u Beogradu. Dozvole nisu dobivene, a Milošević je pokopan u dvorištu obiteljske kuće u Požarevcu.
Kada je 18. ožujka 2006. njegovo tijelo dopremljeno u Beograd, oko osamdeset tisuća pristaša ispratilo ga je ispred Skupštine tadašnje Srbije i Crne Gore u središtu Beograda. Članovi Miloševićeve najuže obitelji nisu došli na pogreb uz obrazloženje da nisu dobili dovoljna sigurnosna jamstva.
Za predsjednika Srbije Milošević je izabran u prosincu 1990. godine, kao kandidat SPS-a i ponovno u prosincu 1992. poslije raspada SFRJ, dok je za predsjednika Savezne Republike Jugoslavije izabran 25. srpnja 1997. godine. Na tom mjestu bio je do 5. listopada 2000. godine, kada je nakon velikoga građanskog prosvjeda priznao poraz na predsjedničkim izborima u rujnu iste godine, na kojima je za novog predsjednika SRJ izabran kandidat Demokratske opozicije Srbije (DOS) i lider Demokratske stranke Srbije Vojislav Koštunica.
Miloševićeva supruga Mirjana Marković Srbiju je napustila 23. veljače 2003. godine, a sin Marko odmah pošto je Milošević bio prisiljen priznati poraz na izborima za predsjednika SRJ. Oboje danas žive u Moskvi, a kćerka Marija u Crnoj Gori.
Protiv Mirjane Marković pokrenut je sudski postupak za zloupotrebu službenog položaja i za njom je raspisana tjeralica, kao i za Markom Miloševićem, kojemu se sudi u odsutnosti. Protiv njih se u Srbiji vodi više istraga, uključujući i optužbu za krijumčarenje cigareta, a oboje su dobili azil u Rusiji.
