Jukić se tereti da je od jula do kraja septembra 1993. godine, u okviru širokog i sistematičnog napada snaga HVO-a i HV, usmjerenog protiv civilnog bošnjačkog stanovništva općine Prozor, kao pripadnik HVO Brigade “Rama”, vršio progon stanovništva bošnjačke nacionalnosti na političkoj, nacionalnoj i vjerskoj osnovi, učestvujući u ubistvima, prisilnim nestancima i drugim nečovječnim djelima učinjenim u namjeri nanošenja velike patnje i ozbiljne fizičke i psihičke povrede.
U optužnici se navodi da je Željko Jukić 3. augusta 1993. u večernjim satima zajedno s optuženim Vinkom Papkom i još jednim pripadnikom HVO-a došao u prostorije Srednjoškolskog centra u Prozoru, gdje je sudjelovao u prisilnom nestanku petorice ljudi, koji su bili nezakonito zatvoreni u tom logoru i odveo ih na smetljište „Duška kosa“, odakle im se gubi svaki trag.
Optuženi se tereti da je 6. jula 1993., zajedno s grupom pripadnika HVO-a učestvovao u napadu na stanovništvo bošnjačke nacionalnosti sela Duge u općini Prozor, kojom prilikom je lišio života jednog sedamdesetrogodišnjeg starca, kojeg je zatekao ispred njegove porodične kuće, tako što je iz vatrenog oružja u njegovo tijelo ispalio više hitaca.
Kako se dalje navodi u optužnici, optuženi je sredinom jula 1993., u ranim jutarnjim satima, zajedno s optuženim Vinkom Papkom i drugim pripadnicima HVO-a, učestvovao u pratnji transporta više stotina muškaraca bošnjačke nacionalnosti koji su iz zatvora lociranih na području grada Prozora transportovani u logor Dretelj kod Čapljine, gdje su bili izloženi nečovječnom postupanju, fizičkom i psihičkom maltretiranju.
U optužnici se dalje navodi da je Jukić 28. augusta 1993. zajedno s drugim pripadnicima HVO-a učestvovao u organizovanom prisilnom preseljenju bošnjačkog stanovništva s područja općine Prozor, kojom prilikom je u selu Lapsunj, naoružan automatskom puškom, prisiljavao civile bošnjačke nacionalnosti da napuste svoje domove koji su zatim kamionima transportovani na područje pod kontrolom Armije BiH, te da je sudjelovao u prisilnom nestanku Kerima Terzića, čije tijelo do danas nije pronađeno.
Istoga dana u mjestu Ustirama u općini Prozor, Željko Jukić je učestvovao u premlaćivanju više muškarca bošnjačke nacionalnosti, a jednog od njih je vezao konopcem oko vrata tretirajući ga na izrazito ponižavajući način.
Optuženi se tereti da je počinio krivično djelo zločini protiv čovječnosti - progon.
Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH, saopćeno je iz Tužilaštva BiH.
