Prvi kamen, kamen temeljac njene obnove, u zidnu strukturu pronađenih temelja položili su mostarski muftija Seid ef. Smajkić, predsjednik građevinskog odbora Suad Hasandedić, predsjednik Medžlisa IZ Mostar Ramiz Jelovac i bivši mostarski gradonačelnik Hamdija Jahić.
Sinan pašina džamija je bila najprostranija džamija u Hercegovini, a potpuno je srušena u noći 29.12.1949. godine.
Obraćajući se prisutnima mostarski muftija Smajkić je ocijenio kako je ovim činom, nakon 65 godina, skinut j još jedan sloj zaborava sa mirnodopske destrukcije nad Mostarom i njegovim bošnjačkim duhom, kulturom i tradicijom.
"Danas je u Mostaru progovorio stvaralački duh i entuzijazam građana koji žele staviti do znanja da je svršeno s ubijanjem Mostara. Stoga vratimo atribute skladnog, harmoničnog, civiliziranog i u pjesmama opjevanog grada kako bi svi doprinosili njegovom napretku i razvoju i uživali u njegovim ljepotama i blagodatima“, poručio je.
Kako je podsjetio u Mostaru je od 1947. do 1955. godine porušeno 11 džamija. Sinan-pašina je treća od njih koja se obnavlja.
"Nadamo se da ćete se svi pridružiti građevinskom odboru kako bi džamija što prije bila obnovljena“, kazao je predsjednik građevinskog odbora Suad Hasandedić.
U Medžlisu IZ Mostar, a shodno ranijim odlukama Rijaseta IZ da se obnove sve džamije koje je moguće obnoviti, imaju izrađena četiri projekta obnove džamija koje su porušene poslije drugog svjetskog rata.
"Danas promoviramo jedan novi oblik obnove naše baštine, da džamije obnavljaju džemtlije i građani, a Medžlis će tu biti kao njihov servis“, rekao je predsjednik Medžlisa IZ Mostar Ramiz Jelovac.
Sinan-pašina džamija sagrađena je pedesetak metara od lijeve obale Neretve i oko 300 metara sjeverno od Starog mosta. Podigao ju je hercegovački sandžak-beg Sinan, koji je upravljao Hercegovinom 1474. i 1475. godine. Bila je skromnih dimenzija. Kasnije ju je prepravio i uz nju munaru podigao drugi hercegovački sandžak-beg Sinan-paša Borovinić (1504-1506). Sinan paša Borovinić bio je na poziciji velikog vezira osmanskog sultana od 26. 4. 1516. do 22. 1. 1517. godine. Poginuo je u Egiptu.
Na inicijativu Medžlisa IZ Mostar stručni tim predvođen prof. dr. Enverom Imamovićem detaljnim arheološkim istraživanjem je krajem januara 2009. godine pronašao njene zatrpane temelje. Tokom iskopavanja pronađeni su prvobitni arhitektonski elementi. Također je ustanovljeno da je džamija bila i spaljena, jer je tokom arheoloških radova pronađen sloj od 10-tak centimetara gareži.
