Optuženi se tereti da je od juna 1992. do kraja te godine, u okviru širokog i sistematičnog napada vojske i policije tzv. Srpske republike BiH, kao i paravojnih formacija, usmjerenog protiv civilnog nesrpskog stanovništva općine Rogatica, znajući za takav napad, kao pripadnik VRS-a odnosno komandir čete iz mjesta Lađevine, izvršio, podsticao, pomagao, te znao, a nije spriječio niti kaznio ubistva, prisilne nestanke, teška oduzimanja fizičke slobode suprotno osnovnim pravilima međunarodnog prava, silovanja, progon civilnog stanovništva nesrpske nacionalnosti na nacionalnoj, etničkoj, vjerskoj i spolnoj osnovi, te druga nečovječna djela učinjena u namjeri nanošenja velikih patnji, ozbiljnih fizičkih ozljeda i narušavanja zdravlja.
Optužnica ga tereti i da je sa sebi podređenim vojnicima VRS-a sudjelovao u odvođenju civila Bošnjaka u nepoznatom pravcu, od kada im se gubi svaki trag, te da je sudjelovao u protivzakonitom zatvaranju, zlostavljanju i mučenju Bošnjaka, saopćilo je Tužilaštvo BiH.
U optužnici se navodi da je predvodio pješadijski napad na kuće nastanjene bošnjačkim stanovništvom prilikom kojeg je ubijeno više osoba, a veći broj kuća opljačkan i zapaljen.
Optužnica navodi i da je Stojan Perković od ljeta pa do kraja 1992. godine više puta upotrebom sile i prijetnje prisiljavao jednu osobu na seksualne odnose.
Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH.