Do obnove postupka došlo je nakon što je djelimično uvažena žalba optuženog i njegovog branitelja i ukinita prvostepena presuda od 3. novembra 2006. godine kojom je Samardžija oglašen krivim za zločine na području općine Ključ i osuđen na 26 godina.
Optužnica ga tereti za saučesništvo (u svojstvu komandanta 3. čete Saničkog bataljona 17. lake pješadijske brigade Vojske tzv. srpske republike BiH) u ubistvu većeg broja civila Bošnjaka iz zaseoka Brkići i Balagića brdo, općina Ključ u julu 1992. godine.
Prema optužnici, na lokalitetu Lanište, Crvena zemlja i Biljani iz masovnih i pojedinačnih grobnica 1996. godine ekshumirani su posmrtni ostaci 239 Bošnjaka.
Zastupnica optužbe, tužiteljica Vesna Ilić i branitelj optuženog, advokat Zlatko Knežević izjavili su da ostaju pri ranijim uvodnim riječima, kojom prilikom je optužba ustvrdila da će u cijelosti dokazati inkriminacije sadržane u optužnici, a odbrana ukazala na navodnu kontradiktornost optužbi.
Optužnica protiv Marka Samardžije podignuta je 8. septembra 2005., a precizirana 17. oktobra 2006. godine.
Optuženi je u pritvoru od 18. marta 2005. godine.
