Kovačević se tereti da je periodu od mjeseca maja do kraja augusta 1992. godine, u okviru širokog i sistematičnog napada usmjerenog protiv civilnog bošnjačkog stanovništva na području opštine Višegrad, kao pripadnik VRS vršio progon bošnjačkog civilnog stanovništva na području općine Višegrad na političkoj, nacionalnoj, etničkoj i vjerskoj osnovi, sudjelujući u zatvarnju, ubistvima, prisiljavanjem druge osobe upotrebom sile ili prijetnje direktnim napadom na njen život ili tijelo na seksualni odnos ili s njim izjednačenu seksualnu radnju (silovanje), kao i samovoljnim i vojnim potrebama neopravdanim uništavanjem imovine u velikim razmjerama.
U četiri tačke optužnice, optuženi Kovačević se tereti da je zajedno sa grupom naoružanih vojnika učestvovao u napadu na bošnjačko stanovništvo općine Višegrad i okolnih sela Zlatnik, Turjak i Zanožje, kojom prilikom su iz vatrenog oružja ubijena dva civila i u napadu pucanjem iz vatrenog oružja zapaljene kuće u kojoj su izgorile tri žene.
Optuženi se tereti da je lično, naoružan automatskom puškom, u maskirnoj uniformi, došao u selo Dobrun, opština Višegrad, pucanjem iz vatrenog oružja u potiljak, ubio jednog civila.
Kako se nadalje navodi, optuženi je lično pod prijetnjom oružjem silovao dvije žene i potom odveo u mjesni ured u Dobrunu, koji je služio kao logor za zarobljene civile.
Optuženi se tereti da je počinio krivično djelo zločini protiv čovječnosti. Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH.