Sud Bosne i Hercegovine je, u vezi s tim prijedlozima, dao rok Ikonićevoj odbrani da dostavi pisano izjašnjenje do 25. marta, kako bi u petak Tužilaštvo BiH moglo dati odgovor. Razlog tome je što odbrana optuženog "nije dobila optužnicu i potrebne dokumente".
Prema optužnici, Neđo Ikonić se tereti da je kao komandir 2. čete Centra za obuku „Jahorina“ Specijalne brigade policije Ministarstva unutarnjih poslova (MUP) Republike Srpske (RS) od 10. do 19. jula 1995. sudjelovao u udruženom zločinačkom poduhvatu čiji cilj je bio protjerivanje žena i djece te ubijanje muškaraca Bošnjaka iz enklave Srebrenica.
Ikonić je u Bosnu i Hercegovinu deportiran početkom 2003., nakon što je u Sjedinjenim Američkim Državama (SAD) uhapšen i osuđen na godinu dana zatvora jer je pri useljenju u tu zemlju dao lažne podatke.
Tužilaštvo BiH smatra da bi Ikonić boravkom na slobodi „ometao krivični postupak utjecajem na svjedoke, saučesnike ili prikrivače te skrivao dokaze i tragove.
Činjenica da je veliki broj svjedoka izrazio želju da bude saslušan u skladu sa zakonom o zaštiti svjedoka pod prijetnjom i ugroženih svjedoka govori dovoljno koliku opasnost predstavlja optuženi, navedeno je u prijedlogu Tužilaštva BiH koji je dostavljen državnom sudu uz optužnicu.
Dalje, Tužilaštvo BiH ističe da provodi istragu protiv više pripadnika MUPRS-a zbog sumnje da su učestvovali u zločinima počinjenim od 11. jula do početka novembra 1995. godine.
Ikonić bi puštanjem na slobodu, smatra državno tužilaštvo, mogao utjecati na njih i „izmijeniti ili falsifikovati dokaze“.
Tužilaštvo BiH je dalo prijedlog da se postupak protiv Neđe Ikonića spoji s Duškom Jevićem, Goranom Mendeljevim i Goranom Markovićem, također optuženima za genocid u Srebrenici, zbog "efikasnosti i ekonomičnosti".
Prema optužnici Tužilaštva BiH, Jević je bio komandant Centra za obuku Jahorina, Đurić, komandir Prve čete, a Marković komandir 2. voda Prve čete Centra za obuku Jahorina.
