Nikačević je u februaru 2009. godine osuđen na osam godina zatvora zbog silovanja jedne žene u aprilu 1992. godine, te još jedne djevojke u julu iste godine, kao i za protivzakonito hapšenje jednog civila.
Tužilaštvo BiH se žalilo na ovu presudu, tražeći da se optuženom poveća kazna, što je Apelaciono vijeće djelimično i uvažilo.
Kako je saopćeno iz Državnog suda, Apelaciono vijeće je djelimično uvažilo i žalbu Odbrane i optuženog, te je Nikačevića oslobodilo optužbe da je u augustu 1992. godine učestvovao u privođenju Rasima Klapuha, koji je potom odveden u Kazneno-popravni dom Foča, odakle mu se gubi svaki trag.
Nikačevića, koji je drugostepenu presudu čekao na slobodi, pripadnici Državne agencije za istrage i zaštitu (SIPA) su, po nalogu Suda BiH, uhapsili 30. novembra 2010. godine.
U izrečenu kaznu će mu biti uračunato i vrijeme koje je proveo u pritvoru, od februara 2008. do januara 2009. godine, kada je pušten na slobodu uz mjere zabrane.
Na ovu presudu ne postoji mogućnost žalbe.