Blagojević je oglašen krivim što je kao dio sistematskog napada vojske i policije RS-a usmjerenog protiv bošnjačkog stanovništva, kao pripadnik voda Vojne polcije Bratunačke lake pješadijske brigade vršio progon bošnjačkog stanovništva na političkoj, nacionalnoj, etničkoj, kulturnoj i vjerskoj osonovi, s namjerom nanošenja ozbiljnih fizičkih povreda.
Konkretno, Blagojević je oglašen krivim za jednu krivičnopravnu radnju (tačka 8. optužnice), odnosno za otvaranje vatre iz mitraljeza - browing u pravcu Osnovne škole "Vuk Karadžić" u trenutku kada se jedan od zatočenika Bošnjaka pojavio na prozoru te škole u kojoj je bilo zatočeno više stotina civila.
Sudsko vijeće ocijenilo je da nema pouzdanih dokaza da su optuženi u noći između 13. i 14. jula 1995. stražarili oko Osnovne škole „Vuk Karadžić“ u Bratuncu u kojoj je nasilno držano u pritvoru između 2.000 i 3.000 nenaoružanih muškaraca – Bošnjaka, odnosno da su optuženi sudjelovali u maltretiranju, premlaćivanju i okrutnom ponašanju prema zarobljenim civilima. Također, nije dokazano da su Zdravko Božić i Mladen Blagojević s drugih šest pripadnika VRS-a sudjelovali u ubijanju pet civila.
Božić, Blagojević, Zarić i Živanović oslobođeni su i optužbi da su 14. jula 1995. stražarili ispred škole Grbavci u Orahovcu, općina Zvornik; gdje je bilo zarobljeno između 1.000 i 2.500 muškaraca – Bošnjaka koji su tu dovedeni iz privremenih pritvorskih prostorija u Bratuncu, kao i optužbi za sudjelovanje u maltretiranju, premlaćivanju i okrutnom ponašanju prema ovim zarobljenim civilima.
Željko Zarić i Zoran Živanović oslobođeni su optužbi da su izdvojili tri zarobljenika iz škole Grbavci i natjerali ih da idu, a zatim pucali, a Živanović i optužbi za sudjelovanje u nasilnom razdvajanju žena i muškaraca u Potočarima.
Prema obrazloženju nepravomoćne presude, navodi u optužnici dati su uopćeno, paušalno, bez konkretnih radnji, tako da optužbe sadržane u 12 tačaka optužnice, osim za spomenutu krivičnopravnu radnju, nisu dokazane.
Po riječima predsjedavajućeg Sudskog vijeća, sudije Staniše Gluhajića, Tužilaštvo nije dokazalo da su optuženi ovom slučaju bili dio udruženog zločinačkog poduhvata, ukazujući na to da su iskazi zaštićenih svjedoka nepouzdani i kontradiktorni te da nisu potvrđeni od ostalih svjedoka.
Prilikom odmjeravanja visine zatvorske kazne Mladenu Blagojeviću Sud je imao u vidu da nema dokaza o tome da je radnja za koju je oglašen krivim proizvela posljedice (izrečena kazna manja od minimalne za zločin protiv čovječnosti), kao i olakšavajuće okolnosti ponašanje tokom sudskog procesa i porodične prilike.
Blagojević ostaje u pritvoru do pravomoćnosti presude, a u izdržavanje zatvorske kazne uračunat će se vrijeme koje je proveo u pritvoru od 15. novembra 2006. godine.
Sud je, istovremeno, donio rješenje kojim se ukida pritvor Božiću, Zariću i Živanoviću, pa su oni pušteni na slobodu.
